Przede wszystkim w uprawie ekologicznej nie należy używać chemicznych środków ochrony roślin, a także zakaz stosowania nawozów sztucznych. Preferuje się natomiast nawozy pochodzenia naturalnego, czyli obornik bydlęcy, pomiot kurzy, obornik trzody chlewnej, owczy, koński oraz kompost i to najlepiej wyprodukowany samemu, choć to długi proces. Przed założeniem sadu warto wysiać rośliny przedplonowe tzn. gorczycę, żyto, facelię, łubin i wiele innych na przyoranie. Te nawozy zielone doskonale zastąpią zarówno obornik, jak i kompost, a niektóre z nich jak facelia czy łubin dostarczą również odpowiednią porcję azotu, dzięki brodawkom korzeniowym, które wiążą azot z powietrza.
Nie mniej istotny
jest dobór właściwych odmian bowiem nie wszystkie wykazują wysoką odporność na szkodniki czy najbardziej dokuczliwe choroby jak parch jabłoni czy mączniak. W uprawie ekologicznej ma to kluczowe znaczenie. Wśród jabłoni znajdziemy odmiany o różnej porze dojrzewania, które są niemal całkowicie odporne na choroby, np. James Grieve, Szampion, Katja, Sawa, Pinova i Boscop. Drzewka tych odmian są ogólnie dostępne w certyfikowanych szkółkach oraz w sklepach ogrodnic...
