Użycie środków ochrony uzasadniają zagrożenia konkurencyjnością i szkodliwością szkodników i sprawców chorób na poziomie progu ekonomicznej szkodliwości. Te progi są najlepiej i najdokładniej określone dla szkodników i sprawców chorób roślin. W praktyce rolniczej te progi dają rolnikowi tylko pewną podpowiedź co do decyzji o zabiegu. Jest wiele innych ważnych czynników, które trzeba brać pod uwagę, przy czym pamiętajmy, że w integrowanej ochronie roślin pierwszeństwo mają wszystkie niechemiczne metody.
W konkretnych sytuacjach o ekonomicznej szkodliwości choroby decyduje nie tylko skala infekcji, ale przede wszystkim aktualne i prognozowane warunki agrometeorologiczne, faza rozwojowa oraz kondycja roślin, obecność innych organizmów szkodliwych. Czasami ochrona musi być zastosowana z wyprzedzeniem, czasami mimo przekroczonego progu nie zawsze zabieg będzie uzasadniony.