Wymagania dotyczące przechowywania produkowanych w gospodarstwach położonych na OSN płynnych i stałych nawozów naturalnych oraz odpadów (bez względu na liczbę utrzymywanych zwierząt) zostały określone w programach działań dla poszczególnych województw. Główną treść programów stanowią wymogi, które wynikają z Dyrektywy 91/676/EWG. W przypadku obornika należy przechowywać go w sposób zabezpieczający przed przenikaniem odcieków do wód lub do gruntu. Gdy zwierzęta utrzymywane są na głębokiej ściółce, budynek inwentarski musi mieć nieprzepuszczalne podłoże.
W przypadku natomiast potrzeby ponownego złożenia obornika na pryzmie w kolejnym sezonie wegetacyjnym pryzmy muszą być lokalizowane w innym miejscu.
To, w jakim miejscu oraz kiedy rolnik złożył obornik w danym roku na danej działce, powinien zaznaczyć na mapie lub szkicu działki. Te zaś powinien przechowywać przez okres obowiązywania programu i jeszcze rok po jego zakończeniu. Zatem rolnicy, którzy zostali objęci OSN w 2012 r., powinni przechowywać dokumenty jeszcze przez cały 2017 r. Rolnicy, którzy prowadzą chów i hodowlę drobiu powyżej 4 tys. stanowisk oraz świń powyżej 2 tys. stanowisk dla świń o wadze ponad 30 kg lub 750 stanowisk dla macior, muszą przechowywać obornik na nieprzepuszczalnych płytach już w momencie objęcia ich programem OSN.
Większość wymagań w programach działań obowiązuje rolników od 1 marca 2013 r. Na dostosowanie do wymogów dotyczących powierzchni lub pojemności posiadanych miejsc do przechowywania nawozów naturalnych przewidziano okres przejściowy, trwający do końca obowiązywania programu działań dla OSN. ms
