Polska wniosła odwołanie od tego wyroku do wyższej instancji, czyli do Trybunału Sprawiedliwości UE, domagając się uchylenia wyroku Sądu UE z 2013 r. oraz stwierdzenia nieważności decyzji KE. Zgodnie z nią Polska musiała zwrócić do budżetu UE ponad 380 mln zł, głównie w związku z nieprawidłowościami wykrytymi w latach 2005–2007 w informatycznym systemie identyfikacji działek rolnych (LPIS-GIS), na podstawie którego przyznawane są rolnikom dopłaty bezpośrednie.
Żądając zwrotu pieniędzy w decyzji z marca 2010 r., Komisja wskazywała, że dane w systemie LPIS-GIS były częściowo nieaktualne i rozbieżne. Komisja Europejska przeprowadziła kontrolę w 2006 r. w województwach zachodniopomorskim, lubuskim i wielkopolskim. Polska nie zgadzała się z zarzutami KE odnośnie do systemu LPIS-GIS, ponadto wskazywała, że nieprawidłowości stwierdzono tylko w 5 z 60 skontrolowanych działek.
Polska zaskarżyła do Sądu UE decyzję KE. Jednak Sąd UE oddalił skargę w lutym 2013 r. i przyznał rację KE. Stwierdził, że polski system LPIS-GIS nie gwarantował, że dopłaty były wypłacane rolnikom w prawidłowy sposób, Komisja Europejska miała więc prawo nałożyć na Polskę karę. Stanowisko to podtrzymał Trybunał w drugiej instancji. Czwartkowe rozstrzygnięcie Trybunału jest ostateczne.
