Obajtek rozpoczął kierowanie Agencją pod koniec listopada 2015 roku – najpierw jako p.o. prezesa, a później już jako prezes. Jego rządy w ARiMR kojarzone są m.in. z dymisjami kierowników oddziałów regionalnych i powiatowych Agencji. W czasie sprawowania przez Obajtka władzy ARiMR miała poważne problemy z wypłacaniem płatności za 2015 roku. Szefostwo instytucji tłumaczyło to zaniedbaniami poprzedniej ekipy rządzącej.
W latach 2006–2015 Daniel Obajtek był wójtem Pcimia. W tym czasie prokuratura postawiła mu zarzuty m.in. przyjęcia łapówki w wysokości 50 tys. zł oraz narażenia jednej ze spółek na straty w wysokości 1,5 mln zł. Ostatecznie śledczy wycofali akt oskarżenia. pm
